Alcuni fossili di piante portano tracce di lesioni dovute a malattia sin da epoche preistoriche, questo dimostra quanto sono antiche le origini di questi avvenimenti, che probabilmente preoccuparono l´uomo nelle sue attività agricole nei primi tentativi di controllare in misura rilevante gli equilibri della natura.
Le prime notizie sull´argomento sono pervenute con raffigurazioni e scritti assiro-babilonesi, egiziani ed ebraici.

Grandi filosofi e naturalisti produssero opere di osservazione scientifica, come il greco Aristotele (384-322 a.C.) e il suo discepolo Teofrasto (374-288 a.C.) e successivamente gli scrittori georgici latini Varrone ( 116-27 a.C.), Plinio (23-79 d.C.) e Columella (1 sec. d.C.).
Questi studi documentati non ebbero un gran seguito, per molti secoli le malattie delle piante furono considerate di natura sovrannaturale, magica. Numerosi Dei erano adorati per la prosperità dei campi, i romani nel 700 a.C. celebravano la festa campestre delle "Robigalia" per invocare la protezione contro la ruggine, già tristemente conosciuta per i gravi danni arrecati ai cereali e alle altre piante coltivate.
Le credenze magiche, comuni tra il popolo, erano accettate anche da persone d´alta cultura, come Plinio attribuiva l´influenza delle donne in periodo mestruale alla comparsa di macchie gialle nelle foglie delle piante.
Ancora in un trattato tedesco del XVIII secolo si consiglia di non usare coltelli da pane per le incisioni degli innesti perchè causa di molte malattie.
Durante il Medioevo e durante il Rinascimento le conoscenze delle malattie delle piante non furono approfondite, anche se si cominciava a diffondere l´idea che le loro cause potessero essere simili a quelle contagiose degli animali.

Una svolta decisiva la portò il botanico francese Joseph Pitton de Tournefort nel secolo XVIII ( diede una prima classificazione delle malattie delle piante) e soprattutto gli Italiani Pier Antonio Micheli (1679-1737). Giovanni Targioni Tozzetti (1712-1783) e Felice Fontana (1730-1805). Micheli fece uno studio approfondito sui micromiceti parassiti, sostenendo, in contrasto alla teoria di allora della generazione spontanea, che questi parassiti prendono origine dalle loro stesse spore.
Nel 1767 Giovanni Targioni Tozzetti pubblicò il trattato "Alimurgia" dove ipotizzò che la ruggine del grano consisteva in una " vegetazione di piante spontanee che nascono tra pelle e pelle", contemporaneamente Felice Fontana sostenne che la ruggine del grano fosse un´entità distinta parassitaria. Tuttavia la teoria della generazione spontanea prevalse a lungo. I funghi trovati in associazione con i tessuti infetti furono ritenuti anormali strutture della pianta.

La prima prova sperimentale di parassitismo risale al lavoro di Prévost sulla carie del grano (1807). Questi studiò la germinazione delle spore del fungo, applicando le spore stesse alla cariossidi prima della semina e riuscì a seguire lo sviluppo e la diffusione del fungo nella pianta sino alla fruttificazione, contenente la stessa spora di partenza inoculate sulla cariosside.
Un secolo più tardi delle ipotesi rivoluzionarie di Micheli e quasi cinquant´anni dopo le esperienze di Prévost, i fratelli Tulsne e di De Bary (1831−1888) stabilirono definitivamente che i funghi microscopici associati a molte malattie furono i veri agenti e non un semplice effetto secondario.

Le prime malattie batteriche furono scoperte in Europa dall´olandese Wakker che identificò in un batterio la causa di un marciume del giacinto e dagli italiani Savastano e Cavara che dimostrarono l´origine batterica dei tubercoli dell´olivo e delle galle dei fusti di vite.
Le indagini sul mosaico del tabacco scoprirono un altro tipo di malattie, quelle causate da virus.
La patologia vegetale, per necessità di specializzazione, si sta ripartendo come ad esempio lo studio degli aspetti fisiologici delle piante (Fisiologia), delle malattie da virus (Virologia), delle malattie parassitarie e dei mezzi di lotta (Fitoiatria).

La Patologia vegetale conta sempre più cultori, in Italia essa è oggetto d´insegnamento nelle facoltà universitarie di Agraria.