I maestri giapponesi non hanno lasciato nulla al caso, anche i bonsai sono divisi in categorie data la loro altezza.

La prima categoria è chiamata keshitsubu con altezza sino a 5 cm (sta sulla punta di un dito), la seconda mame o shohin da 5 cm a 10 cm (sta sul palmo di una mano).
I bonsai medi chiamati komono misurano 10 a 20 cm. I samurai di solito erano contadini più che militari ed erano chiamati KOMONO (gente modesta).
La dimensione più diffusa si chiama katade-moki e va da 20 a 40 cm.
Da questi bonsai si va alle dimensioni più grandi che sono, la chumono (da 40 a 90 cm) chiamati bonsai a due mani e la omono che arrivano ad essere alti anche 1,2 m.
Se il bonsai è più largo che alto viene chiamato hachi-uye

1. la specie che si intende lavorare, per esempio alcune varietà con foglie grandi o con una ramificazione grossolana non sono adatte per i piccoli bonsai
2. il tempo a disposizione da dedicare alle cure di mantenimento, i piccoli bonsai devono essere annaffiati più spesso rispetto a quelli di medie o grandi dimensioni, quelli molto grandi per essere spostati richiedono due o più persone
3. Il posto dove tenere i bonsai, se si dispone di un piccolo terrazzo con pochi bonsai di grandi dimensioni abbiamo occupato tutto il nostro spazio a disposizione
4. le spese da affrontare, grandezza del vaso, terriccio e fertilizzanti influenzano sulle spese per il mantenimento delle nostre piante.

Qualunque sia la vostra scelta quello che conta sono le proporzioni dell'insieme, il bonsai dovrebbe avere un aspetto più naturale possibile.